Le CNM a été créé en 1921 par l’architecte espagnol Picornell qui créera également le Cercle des Nageurs de Barcelone et de Casablanca.
Il est amusant de constater que ces trois grands clubs ont les mêmes composantes dans leur logo : triangle et mouette.
Les présidents successifs ont été Eugène Tisson (1921-1924), Jean Alezard (1924 -1966), Albert Vahouni (1966 -1990) et Paul Leccia (depuis 1990). Durant toutes ces années, le CNM a essayé de porter les valeurs de l’olympisme et de la vertu sportive au firmament et ce, dans un esprit fraternel qui fait du cercle plus qu’un club sportif, une véritable famille.

Le CNM reste avant tout un Club sportif. Son équipe de water polo, 36 fois championne de France et des grands noms de la natation française tels que, Alex Jany, Alain Mosconi, Joseph Bernardo, Robert Christophe, Jean-Jacques Moine,… ont su porter haut les couleurs du Cercle des Nageurs de Marseille au fil du temps.